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En el año 2045 el mundo está contaminado por Irousu, misteriosos invasores que aparecieron de la nada. Los humanos están restringidos y contenidos, y enfrentándose a estos invasores hay chicas normales y corrientes procedentes de todos los lugares, sin un poderoso ejército detrás o incluso sin armas. La Academia femenina Shinjugammine recoge a las llamadas “Hoshimori” (Guardianas de las estrellas), chicas destinadas a combatir los Irousu. El jugador es asignado a esta academia para entrenar a sus estudiantes y recuperar la Tierra contaminada.