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Después de que la población y economía mundial fué devastada por varios hyper-huracanes simultáneos, nuevas facciones y naciones han aparecido por el mundo. En Japón, después de la reconstrucción, la población ha sido dividida en 2 clases, la clase Elite, llamada "Logos", que controlan las zonas más ricas y desarrolladas, además de llevar un cruel control de los "Levinas", la clase baja que lucha día a día por su sobrevivencia. Jō y Jin han escapado de "Phantom", un grupo militar que controla a los Levinas, llevando a una niña con ellos llamada Sana. La serie sigue su camino por evitar se capturados por Phantom y por las fuerzas miltares de los Logos.