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La historia de Strawberry Panic se centra en un mundo de mujeres, Astraea Hill. Aoi Nagisa ha sido trasladada a St. Miator's Girls' Academy, una escuela que comparte el campus y los dormitorios con otras dos academias: St. Spica's Girls' Institute y St. Lulim's Girls' School. Al llegar, se da cuenta de lo fascinante que es su nueva escuela y de inmediato se siente atraida por la seducción de la Etoile de Astraea Hill (Shizuma Hanazono). Conforme se desarrolla la historia, Nagisa descubre más sobre el colegio, sus compañeras y la triste historia que esconde Shizuma tras su amable y conquistadora sonrisa.